داستان بازی بعد از ماجراهای فیلم سینمایی سال ۲۰۰۹ و قبل از فیلم Star Trek : Into Darkness – که قرار است ماه می اکران شود – اتفاق می افتد . Kirk و Spock برای عملیات نجات به یک ایستگاه فضایی در حال تخریب می روند که متوجه می شوند ، Vulcan ها بعد از تخریب شدن سیاره خود به فکر ساخت New Vulcan هستند و برای انجام سریع تر این کار خود نیاز به تکنولوژی ای به نام Helios دارند که بعد ها ماجراهایی از پشت پرده Helios مشخص می شود. سازندگان در مصاحبه های خود تاکید کرده ان که طرفداران هیچ نگرانی ای من باب داستان بازی نداشته باشند ، چون داستان بازی یکی از نقاط قوت این عنوان است . این گفته سازندگان وقتی مصداق پیدا می کند که بدانید نویسنده این عنوان Marianne Krawczyk نویسنده داستان بازی هایی هم چون God of War و Shank است که سابقه گرفتن جایزه BAFTA را به خاطر داستان God of War II در کارنامه دارد و Alex Kurtzman و Roberto Orci (نویسندگان فیلم سینمایی Star Trek ) با او در این بازی همکاری می کنند .